Sở Du lịch Bình Định là cơ quan thường trực, giúp ủy ban nhân dân tỉnh quản lý chỉ đạo trực tiếp Đội kiểm tra liên ngành du lịch, chủ trì, phối hợp với các sở, ngành liên quan trong việc điều hành hoạt động của Đội, trình ủy ban nhân dân tỉnh ban hành Quyết định thay thế, bổ sung thành viên Đội; phối hợp với Sở Tài chính lập dự toán, phân bổ, quyết toán kinh phí và đảm bảo các điều kiện về kinh phí, cơ sở vật chất cho Đội kiểm tra liên ngành du lịch triển khai thực hiện nhiệm vụ theo kế hoạch vả đột xuất; định kỳ tổ chức sơ kết, tổng kết đánh giá kết quả hoạt động, báo cáo Chủ tịch ủy ban nhân dân tỉnh.
Các sở, ngành có liên quan: Sở Du lịch, Sở Tài chính, Sở Y tế, Công an tỉnh, Sở Lao động - Thương binh và Xã hội, Sở Tài nguyên và Môi trường, Sở Giao thông vận tải, Chi cục Quản lý thị trường có trách nhiệm cử cán bộ có đủ phẩm chất đạo đức, năng lực tham gia Đội kiểm tra liên ngành du lịch và tạo điều kiện thuận lợi cho cán bộ tham gia các hoạt động của Đội. Trường hợp thay đổi cán bộ phải báo cáo Chủ tịch ủy ban nhân dân tỉnh (thông qua Sở Du lịch) để kịp thời củng cố, kiện toàn tổ chức Đội kiểm tra liên ngành du lịch.
Các sở, ban, ngành và ủy ban nhân dân cấp huyện, cấp xã, có trách nhiệm phối hợp hỗ trợ về con người, nghiệp vụ, trang thiết bị, phương tiện vận chuyển chuyên dụng của đơn vị mình cho Đội kiểm tra liên ngành du lịch, để đảm bảo hoạt động kiểm tra, xử lý được hiệu quả. Đồng thời, phối hợp giải quyết các yêu cầu của Đội kiểm tra liên ngành du lịch trong phạm vi chức năng nhiệm vụ quyền hạn của mình theo quy định của pháp luật.
Đối với những vụ việc, thông tin phản ánh có liên quan đến hoạt động du lịch xảy ra ở các địa phương, ủy ban nhân dân cấp huyện, cấp xã phải kịp thời chỉ đạo các đơn vị thuộc địa phương quản lý tiến hành kiểm tra, ngăn chặn và xử lý kịp thời theo thẩm quyền đã được phân cấp và thông báo kết quả cho Đội kiểm tra liên ngành du lịch để tổng họp báo cáo ủy ban nhân dân tỉnh.