Điều 3. Cơ cấu tổ chức
1. Lãnh đạo Cục:
Lãnh đạo Cục có Cục trưởng và các Phó Cục trưởng do Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn bổ nhiệm, miễn nhiệm theo quy định.
Cục trưởng điều hành hoạt động của Cục, chịu trách nhiệm trước Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn và trước pháp luật về hoạt động của Cục.
Phó Cục trưởng giúp Cục trưởng theo dõi, chỉ đạo một số mặt công tác theo sự phân công của Cục trưởng và chịu trách nhiệm trước Cục trưởng về nhiệm vụ được phân công.
2. Bộ máy quản lý:
a) Phòng Quản lý khai thác thuỷ sản;
b) Phòng Quản lý nguồn lợi và Môi trường thuỷ sản ;
c) Phòng Quản lý tàu cá và Cơ sở hậu cần nghề cá.
d) Phòng Kế hoạch, Tài chính;
đ) Phòng Hợp tác quốc tế;
e) Thanh tra Cục;
g) Văn phòng Cục;
h) Bộ phận thường trực tại phía Nam.
3. Cơ quan, đơn vị trực thuộc:
a) Các cơ quan Khai thác và Bảo vệ nguồn lợi thuỷ sản vùng;
b) Đơn vị sự nghiệp.
Cục trưởng Cục Khai thác và Bảo vệ nguồn lợi thuỷ sản xây dựng, trình Bộ phê duyệt đề án tổ chức các cơ quan, đơn vị trực thuộc Cục. Trong khi Bộ trưởng chưa ban hành quyết định mới, các tổ chức hiện có trực thuộc Cục hoạt động theo quy định hiện hành.
Cục trưởng Cục Khai thác và bảo vệ nguồn lợi thuỷ sản quy định chức năng, nhiệm vụ của bộ máy quản lý và bổ nhiệm cán bộ theo phân cấp quản lý cán bộ của Bộ; ban hành Quy chế làm việc của Cục.