Điều 2. Cơ quan thu phí, lệ phí quản lý chất lượng, vệ sinh an toàn thực phẩm được trích tiền thu phí, lệ phí trước khi nộp tiền vào ngân sách nhà nước để chi phí cho công việc quản lý chất lượng vệ sinh an toàn thực phẩm và việc tổ chức thu phí, lệ phí theo dự toán được duyệt sau khi đã có sự thống nhất bằng văn bản của cơ quan Tài chính cùng cấp nhưng mức trích tối đa không quá 90% (chín mươi phần trăm) số tiền phí, lệ phí thu được, số còn lại phải nộp vào ngân sách nhà nước theo chương loại, khoản, mục của mục lục ngân sách nhà nước quy định.
Cơ quan tổ chức thu phí, lệ phí có trách nhiệm kê khai, thu, nộp và quản lý tiền phí, lệ phí theo đúng quy định tại Thông tư số 54/1999/TT-BTC ngày 10/05/1999 của Bộ Tài chính hướng dẫn thực hiện Nghị định 04/1999/NĐ-CP ngày 30/01/1999 của Chính phủ về phí, lệ phí thuộc ngân sách nhà nước.