Điều 4. Tổng Công ty hàng không Việt Nam do một Tổng giám đốc phụ trách và hai Phó Tổng giám đốc chuyên trách giúp việc. Tổng Giám đốc Tổng công ty do Chủ tịch hội đồng Bộ trưởng bổ nhiệm trên cơ sở đề nghị của Tổng cục trưởng Tổng cục Hàng không dân dụng. Các Phó Tổng giám đốc do Tổng giám đốc đề nghị, Tổng cục trưởng Tổng cục Hàng không bổ nhiệm. Tổng Công ty có bộ máy gián tiếp gọn nhẹ.
Các xí nghiệp thành viên của Tổng Công ty gồm các xí nghiệp vận tải (trong đó bao gồm xưởng sửa chữa máy bay), xí nghiệp cung ứng vật tư, xí nghiệp dịch vụ ăn uống, xí nghiệp dịch vụ các sân bay... tuỳ theo tình hình thực tiễn và sự phát triển trong từng giai đoạn mà tổ chức cho phù hợp, nhằm đạt hiệu quả kinh tế cao.
Giám đốc xí nghiệp thành viên Tổng Công ty do Giám đốc Tổng Công ty bổ nhiệm sau khi tham khảo ý kiến của tập thể xí nghiệp.
Tất cả các chế độ chính sách đối với cán bộ, nhân viên Tổng Công ty hàng không Việt nam thực hiện như tổ chức sản xuất kinh doanh Nhà nước, không áp dụng chế độ của quân đội.