Điều 2. Quản lý và sử dụng phí:
1. Đối với thẩm định báo cáo đánh giá tác động môi trường lần đầu: Cơ quan thu phí được để lại 80% tổng số tiền phí thu được để chi phí cho việc thẩm định hồ sơ báo cáo đánh giá tác động môi trường theo quy định hiện hành của Nhà nước, số tiền phí còn lại (20%) đơn vị thu phí nộp vào ngân sách Nhà nước theo quy định.
2. Đối với thẩm định báo cáo đánh giá tác động môi trường bổ sung: Cơ quan thu phí được để lại 50% tổng số tiền phí thu được để chi phí cho việc thẩm định hồ sơ báo cáo đánh giá tác động môi trường theo quy định hiện hành của Nhà nước, số tiền phí còn lại (50%) đơn vị thu phí nộp vào ngân sách Nhà nước theo quy định.
3. Nội dung chi và mức chi số tiền phí được để lại: Thực hiện theo quy định tại Thông tư số 114/2006/TTLT-BTC-TNMT ngày 29/12/2006 của Liên Bộ Tài chính - Tài nguyên và Môi trường hướng dẫn việc quản lý kinh phí sự nghiệp môi trường.
Số tiền phí được trích lại trong năm, sau khi quyết toán đúng chế độ, nếu sử dụng không hết thì được chuyển sang năm sau để tiếp tục chi theo chế độ quy định.
4. Cơ quan thu phí phải thực hiện việc thu, nộp, quản lý và sử dụng phí thẩm định báo cáo đánh giá tác động môi trường theo đúng quy định tại Thông tư số 63/2002/TT-BTC ngày 24/7/2002 và Thông tư số 45/2006/TT-BTC ngày 25/5/2006 của Bộ Tài chính và các quy định hiện hành của Nhà nước về phí, lệ phí.