Điều 4. Cơ cấu tổ chức
1. Các tổ chức tham mưu, tổng hợp và chuyên môn, nghiệp vụ thuộc Sở:
a) Văn phòng;
b) Thanh tra;
c) Phòng Tổ chức cán bộ;
d) Phòng Kế hoạch - Tài chính;
đ) Phòng Quản lý chất lượng;
e) Phòng Giáo dục Mầm non - Tiểu học;
g) Phòng Giáo dục Trung học - Thường xuyên;
2. Các đơn vị sự nghiệp trực thuộc:
a) Trường trung học phổ thông chuyên Lương Văn Chánh;
b) Trường phổ thông Dân tộc nội trú tỉnh;
c) Các trường trung học phổ thông; trường trung học cơ sở và trung học phổ thông, gồm:
- Trường trung học phổ thông Nguyễn Huệ;
- Trường trung học phổ thông Trần Quốc Tuấn;
- Trường trung học phổ thông Nguyễn Trãi;
- Trường trung học phổ thông Trần Bình Trọng;
- Trường trung học phổ thông Ngô Gia Tự;
- Trường trung học phổ thông Nguyễn Trường Tộ;
- Trường trung học phổ thông Lê Trung Kiên;
- Trường trung học phổ thông Nguyễn Công Trứ;
- Trường trung học phổ thông Lê Hồng Phong;
- Trường trung học phổ thông Nguyễn Thị Minh Khai;
- Trường trung học phổ thông Lê Lợi;
- Trường trung học phổ thông Lê Thành Phương;
- Trường trung học phổ thông Trần Phú;
- Trường trung học phổ thông Phan Đình Phùng;
- Trường trung học phổ thông Phan Bội Châu;
- Trường trung học phổ thông Nguyễn Du;
- Trường trung học phổ thông Trần Suyền;
- Trường trung học phổ thông Nguyễn Văn Linh;
- Trường trung học phổ thông Phạm Văn Đồng;
- Trường trung học phổ thông Phan Chu Trinh;
- Trường trung học phổ thông Nguyễn Thái Bình;
- Trường trung học phổ thông Tôn Đức Thắng;
- Trường trung học cơ sở và trung học phổ thông Võ Thị Sáu;
- Trường trung học cơ sở và trung học phổ thông Nguyễn Bá Ngọc;
- Trường trung học cơ sở và trung học phổ thông Chu Văn An;
- Trường trung học cơ sở và trung học phổ thông Nguyễn Viết Xuân;
- Trường trung học cơ sở và trung học phổ thông Võ Văn Kiệt;
- Trường trung học cơ sở và trung học phổ thông Nguyễn Khuyến;
- Trường trung học cơ sở và trung học phổ thông Võ Nguyên Giáp.
d) Trung tâm Giáo dục nghề nghiệp - Hướng nghiệp Phú Yên.
đ) Trung tâm Hỗ trợ phát triển Giáo dục hòa nhập Phú Yên.
e) Trung tâm Giáo dục thường xuyên tỉnh.