Điều 3. Cơ cấu tổ chức
Trung tâm có 1 Giám đốc, 1 - 2 phó Giám đốc. Giám đốc Trung tâm do Bộ trưởng Bộ Thuỷ sản bổ nhiệm theo đề nghị của Viện trưởng Viện Nghiên cứu Nuôi trồng thuỷ sản I, Phó Giám đốc Trung tâm do Viện trưởng Viện Nghiên cứu Nuôi trồng thuỷ sản I bổ nhiệm theo đề nghị của Giám đốc Trung tâm.
Cơ cấu tổ chức Trung tâm gồm có :
1. Văn phòng.
2. Phòng Nghiên cứu Khoa học công nghệ giống Hải sản.
3. Phòng Nghiên cứu Khoa học công nghệ nuôi Hải sản.
4. Phòng Quan trắc môi trường và phòng bệnh.
5. Trạm Nghiên cứu thực nghiệm thuỷ sản nước lợ.
Biên chế và quỹ lương của Trung tâm được lấy từ biên chế và quỹ lương của Viện Nghiên cứu Nuôi trồng thuỷ sản I, ngoài ra Trung tâm được tuyển dụng lao động hợp đồng theo nhu cầu công việc. Lương và các quyền lợi khác của lao động hợp đồng do Trung tâm chi trả theo quy định của Luật Lao động.