Điều 3.- Cơ quan thu phí, lệ phí bảo vệ và kiểm dịch thực vật được trích tiền phí, lệ phí thu được trước khi nộp vào Ngân sách Nhà nước để phục vụ hoạt động bảo vệ, kiểm dịch thực vật và việc tổ chức thu phí, lệ phí theo dự toán được cấp có thẩm quyền phê duyệt sau khi có ý kiến thống nhất bằng văn bản của cơ quan tài chính cùng cấp, nhưng mức trích tối đa không quá 80% (tám mươi phần trăm) số tiền phí, lệ phí thu được; số tiền còn lại (tối thiểu 20%) phải nộp vào ngân sách nhà nước.
Cơ quan thu phí, lệ phí bảo vệ và kiểm dịch thực vật có trách nhiệm tổ chức thu, kê khai thu, nộp, quản lý sử dụng và quyết toán phí, lệ phí bảo vệ và kiểm dịch thực vật theo đúng quy định tại Thông tư số 54/1999/TT-BTC ngày 10/5/1999 của Bộ Tài chính hướng dẫn thực hiện Nghị định số 04/1999/NĐ-CP ngày 30/1/1999 của Chính phủ về phí, lệ phí thuộc Ngân sách Nhà nước.