Điều 3. Cơ cấu tổ chức
Cục Công nghệ thông tin có các phòng:
1. Phòng Kế hoạch - Tổng hợp.
2. Phòng Phần mềm ứng dụng.
3. Phòng Cơ sở dữ liệu và Hỗ trợ.
4. Phòng Hạ tầng kỹ thuật.
5. Phòng An toàn thông tin.
6. Phòng Quản lý chất lượng công nghệ thông tin.
Quy chế hoạt động, nhiệm vụ cụ thể của các phòng thuộc Cục Công nghệ thông tin do Tổng cục trưởng Tổng cục Thuế quy định.