Điều 4. Việc quản lý Khu kinh tế cửa khẩu Mộc Bài được thực hiện theo nguyên tắc kết hợp quản lý theo ngành với quản lý theo địa phương dưới sự chỉ đạo thống nhất của Chính phủ.
Uỷ ban nhân dân tỉnh Tây Ninh thực hiện chức năng điều hoà, phối hợp các tổ chức và hoạt động quản lý nhà nước trên địa bàn tỉnh đối với các hoạt động kinh tế tại Khu kinh tế cửa khẩu Mộc Bài và phân công, phân cấp quyền hạn, trách nhiệm thích hợp cho Uỷ ban nhân dân các huyện Bến Cầu và Trảng Bàng.