Điều 5. Cục Ứng dụng CNTT có Cục trưởng và một số Phó Cục trưởng.
Cục trưởng chịu trách nhiệm trước Tổng cục trưởng Tổng cục thuế về toàn bộ hoạt động của đơn vị.
Phó Cục trưởng chịu trách nhiệm trước Cục trưởng về nhiệm vụ được phân công.
Việc bổ nhiệm, miễn nhiệm, cách chức Cục trưởng, Phó Cục trưởng Cục Ứng dụng CNTT thực hiện theo phân cấp quản lý công chức của Bộ trưởng Bộ Tài chính.