Tổ chức ứng vốn có trách nhiệm quản lý chặt chẽ việc sử dụng vốn đúng đối tượng, đúng mục đích, công khai, minh bạch, có hiệu quả, thu hồi và hoàn trả cho Quỹ toàn bộ số vốn đã ứng và phí ứng vốn (nếu có) theo đúng thời gian và phương thức hoàn trả đã thỏa thuận trong hợp đồng ứng vốn.
Giám đốc Quỹ có trách nhiệm tổ chức kiểm tra việc sử dụng vốn để đảm bảo vốn đã ứng được sử dụng đúng mục đích, đúng đối tượng và có hiệu quả. Kết quả kiểm tra nếu phát hiện tổ chức ứng vốn sử dụng vốn không đúng mục đích thì Quỹ báo cáo Hội đồng quản lý Quỹ xử lý thu hồi vốn trước hạn và xử lý theo quy định của pháp luật.