Điều 4. Trung tâm có Giá đốc do Bộ trưởng Bộ Thủy sản bổ nhiệm theo đề nghị của Cục trưởng Cục Khai thác & Bảo vệ nguồn lợi thủy sản và Vụ tổ chức Cán bộ. Giúp việc Giám đốc có một hoặc hai Phó giám đốc, kế toán trưởng và một số cán bộ nhân viên chuyên môn nghiệp vụ.
Các Phó Giám đốc, Kế toán trưởng của Trung tâm do Cục trưởng Cục Khai thác & Bảo vệ nguồn lợi thủy sản tuyển chọn và bổ nhiệm sau khi được sự chấp thuận của Bộ Thủy sản. Biên chế sự nghiệp của Trung tâm 05 người được hưởng lương ngân sách gồm: Giám đốc, Phó Giám đốc, Kế toán trưởng, 1-2 cán bộ đăng kiểm. Các cán bộ nhân viên chuyên môn nghiệp vụ làm việc theo chế độ hợp đồng lao động.