Điều 2. Cục Bảo vệ nguồn lợi thuỷ sản thuộc Bộ Thuỷ sản, Chi cục bảo vệ nguồn lợi thuỷ sản, Trung tâm thuỷ sản các địa phương (gọi chung là cơ quan bảo vệ nguồn lợi thuỷ sản) tổ chức thu phí, lệ phí bảo vệ nguồn lợi thuỷ sản được trích 40% (bốn mươi phần trăm) tổng số tiền phí, lệ phí thu được trước khi nộp vào ngân sách nhà nước để chi phí cho việc tổ chức thu phí, lệ phí, số còn lại (60%) phải nộp vào ngân sách nhà nước.
Cục Bảo vệ nguồn lợi thuỷ sản - Bộ Thuỷ sản có trách nhiệm chỉ đạo, hướng dẫn các cơ quan bảo vệ nguồn lợi thuỷ sản thực hiện việc thu, nộp và quản lý sử dụng phí, lệ phí bảo vệ nguồn lợi thuỷ sản thống nhất trong cả nước theo đúng quy định tại Thông tư số 54/1999/TT-BTC ngày 10/ 5/1999 của Bộ Tài chính hướng dẫn thực hiện Nghị định số 04/ 1999/NĐ-CP ngày 30/1/1999 của Chính phủ về phí, lệ phí thuộc ngân sách nhà nước.