Điều 31.
1. Công ty chịu sự lãnh đạo trực tiếp toàn diện của Viện Khoa học Thủy lợi.
2. Công ty chịu sự kiểm tra, thanh tra việc thực hiện pháp luật và các chế độ chính sách của Nhà nước đối với Công ty.
3. Được đề xuất kiến nghị về chế độ, chính sách cơ chế hoạt động của Công ty với Viện và Bộ trong khuôn khổ pháp luật quy định.
4. Công ty có trách nhiệm, nghĩa vụ và quyền hạn của một đơn vị thành viên trong Viện.
5. Công ty phải thực hiện các quy định, quy chế của Viện trong khuôn khổ quy chế, điều lệ tổ chức hoạt động của Viện được Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn phê chuẩn.
6. Công ty chịu sự kiểm tra, thanh tra của Viện về thực hiện kế hoạch sản xuất, chuyên môn, nghiệp vụ, quản lý tài chính, nghiên cứu khoa học, đào tạo.