Điều 5. Cơ cấu tổ chức bộ máy của trường:
1. Ban Giám hiệu: Hiệu trưởng và các Phó hiệu trưởng giúp việc.
2. Hội đồng Khoa học và đào tạo, các Hội đồng tư vấn khác.
3. Các Phòng chức năng:
- Phòng Đào tạo;
- Phòng Tổ chức cán bộ;
- Phòng Quản lý sinh viên;
- Phòng Hành chính tổng hợp;
- Phòng Khoa học công nghệ;
- Phòng đối ngoại, nghiên cứu và phát triển;
- Phòng Tài vụ;
- Phòng Công tác chính trị;
- Phòng Quản lý ký túc xá;
- Phòng Bảo vệ;
- Trạm Y tế;
- Ban Quản lý dự án.
4. Các Khoa chuyên môn:
- Khoa Hàng hải;
- Khoa Máy tàu thuỷ;
- Khoa Đóng tàu thuỷ và công trình nổi;
- Khoa Điện;
- Điện tử viễn thông;
- Khoa Công trình;
- Khoa Công nghệ thông tin;
- Khoa Cơ khí;
- Khoa Kinh tế vận tải.
5. Các Khoa chung:
- Khoa Cơ bản;
- Khoa Giáo dục lý luận chính trị;
- Khoa Ngoại ngữ;
- Khoa Tại chức;
- Khoa Sau đại học;
- Thư viện;
- Xưởng thực hành.
6. Các đơn vị trực thuộc:
- Công ty Tư vấn và ứng dụng Khoa học công nghệ giao thông vận tải (trên cơ sở sáp nhập Trung tâm Tư vấn và dịch vụ khoa học kỹ thuật Hàng hải, được thành lập theo quyết định số 381QĐ/TCCB-LĐ ngày 26/02/1997 của Bộ trưởng Bộ Giao thông vận tải và Công ty Tư vấn và ứng dụng khoa học - công nghệ Hàng hải, được thành lập theo quyết định số 2294/1999/QĐ-BGTVT ngày 03/9/1999 của Bộ trưởng Bộ Giao thông vận tải);
- Trung tâm Huấn luyện thuyền viên (trên cơ sở đổi tên Trung tâm Huấn luyện thuyền viên II được thành lập tại quyết định số 491/TCCB-LĐ ngày 01/9/1993 của Bộ trưởng Bộ Giao thông vận tải);
- Trung tâm Đào tạo, bồi dưỡng nghiệp vụ giao thông vận tải (trên cơ sở đổi tên Trung tâm Đào tạo, huấn luyện Vũng Tàu được thành lập tại Quyết định số 395/QĐ-TCCB-LĐ ngày 18/3/1994 của Bộ trưởng Bộ Giao thông vận tải). Trụ sở chính tại thành phố Hồ Chí Minh và có các Chi nhánh tại Đà Nẵng, Vũng Tàu và Cần Thơ;
- Trung tâm Dịch vụ sinh viên.