Điều 5. Bộ phận thường trực giúp việc cho Uỷ ban Quốc gia về APEC 2006 là Ban Thư ký APEC 2006 đặt tại Bộ Ngoại giao và chịu sự chỉ đạo trực tiếp của Chủ tịch Uỷ ban.
Ban Thư ký APEC có các nhiệm vụ:
- Giúp Uỷ ban Quốc gia lập kế hoạch, chương trình công tác, chỉ đạo thực hiện các công việc có liên quan đến quá trình chuẩn bị cho các hội nghị; các hoạt động của năm APEC 2006; điều hoà và phối hợp hoạt động của các Tiểu ban; đôn đốc, kiểm tra tình hình thực hiện; chuẩn bị và xây dựng các dự thảo văn kiện, chương trình nghị sự...
- Là cơ quan đầu mối đối ngoại của Việt Nam với Ban Thư ký APEC và các nền kinh tế thành viên.
- Trưởng Ban Thư ký APEC 2006 là một Thứ trưởng Bộ Ngoại giao đồng thời là Chủ tịch SOM (SOM Chair); bộ máy giúp việc Trưởng Ban Thư ký là cán bộ, chuyên viên của Bộ Ngoại giao và do Bộ trưởng Bộ Ngoại giao xem xét, quyết định. Ngoài ra, còn có cán bộ, chuyên viên của Bộ Thương mại và các Bộ, cơ quan liên quan biệt phái làm việc tại Ban Thư ký theo đề nghị của Trưởng ban Thư ký APEC.
- Trưởng SOM APEC của Việt Nam (SOM Leader) là một cán bộ cấp Vụ của Bộ Thương mại do Bộ trưởng Bộ Thương mại chỉ định.
- Bộ trưởng Bộ Ngoại giao trao đổi với Bộ trưởng, Thủ trưởng cơ quan có liên quan về việc cử cán bộ, chuyên viên biệt phái làm việc tại Ban Thư ký APEC. Trưởng Ban Thư ký chịu trách nhiệm phân công, sắp xếp công việc hợp lý cho cán bộ biệt phái và phân chia thành các nhóm chuyên đề (Task Force). Trưởng nhóm Task Force là các cán bộ có chuyên môn của các Bộ, ngành (gồm cả Bộ Ngoại giao) và chịu sự phân công của Trưởng Ban Thư ký.
- Giao Bộ Ngoại giao chủ trì, cùng với Bộ Thương mại soạn thảo Quy chế làm việc cụ thể của Uỷ ban Quốc gia về APEC 2006, bao gồm cả mối quan hệ công tác giữa Chủ tịch SOM và Trưởng SOM, trình Chủ tịch Uỷ ban xem xét, quyết định vào trung tuần tháng 8 năm 2005.