Điều 2. Việc thay đổi cơ chế quản lý từ Chương trình quốc gia cũ sang các nhiệm vụ thường xuyên của các Bộ, ngành, địa phương được tiến hành từng bước, không gây xáo trộn về mặt tổ chức, cán bộ và bảo đảm tính vững chắc, tính liên tục cho việc thực hiện Chương trình.
Trong năm 1998 cơ chế kế hoạch và cấp phát kinh phí tiếp tục thực hiện theo Quyết định số 531/TTg ngày 08 tháng 8 năm 1996 của Thủ tướng Chính phủ. Từ năm 1999 việc xây dựng kế hoạch hàng năm thực hiện theo các quy định chung của Chính phủ.
Đối với các dự án đang thực hiện dở theo chu kỳ sản xuất vẫn được tiếp tục thực hiện theo cơ chế uỷ quyền chi của Quyết định số 531/TTg ngày 08 tháng 8 năm 1996 của Thủ tướng Chính phủ cho tới khi dự án kết thúc và không mở thêm các dự án mới đưa vào Chương trình. Các dự án mới của Bộ, ngành nào thì đưa luôn vào nhiệm vụ thường xuyên của Bộ, ngành đó để thực hiện trong kế hoạch hàng năm.