Điều 4. Cơ cấu tổ chức của Cục Thuế gồm:
1. Các đơn vị tham mưu giúp việc Cục trưởng:
+ Đối với Cục Thuế thành phố Hà Nội và thành phố Hồ Chí Minh, cơ cấu tổ chức bộ máy gồm các phòng sau đây:
1. Phòng Tổng hợp và dự toán
2. Phòng Tuyên truyền và hỗ trợ tổ chức và cá nhân nộp thuế (gọi tắt là Phòng Tuyên truyền và hỗ trợ)
3. Phòng Tin học và xử lý dữ liệu về thuế
4. Không quá 3 Phòng Quản lý doanh nghiệp Nhà nước
5. Phòng Quản lý doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài
6. 2 Phòng Quản lý doanh nghiệp khác
7. Không quá 3 phòng Thanh tra
8. Phòng Thuế thu nhập cá nhân
9. Phòng quản lý ấn chỉ
10. Phòng Tổ chức cán bộ
11. Phòng Hành chính - Lưu trữ
12. Phòng Quản trị - Tài vụ
Riêng Cục Thuế thành phố Hồ Chí Minh được thành lập Phòng Quản lý khu chế xuất và Phòng Lưu trữ.
+ Đối với các tỉnh, thành phố thuộc đồng bằng, trung du, duyên hải miền Trung và Tây nguyên có số biên chế khoán từ 600 người trở lên, hoặc có số thu từ 500 tỷ trở lên, cơ cấu bộ máy Cục Thuế gồm các phòng:
1. Phòng Tổng hợp và dự toán
2. Phòng Tuyên truyền và hỗ trợ tổ chức cá nhân nộp thuế (gọi tắt là Phòng Tuyên truyền và hỗ trợ)
3. Phòng Tin học và Xử lý dữ liệu về thuế
4. 2 Phòng Quản lý doanh nghiệp
5. Không quá 2 Phòng Thanh tra
6. Phòng Quản lý ấn chỉ
7. Phòng Tổ chức cán bộ
8. Phòng Hành chính - Quản trị - Tài vụ
Riêng Cục Thuế Hải Phòng được tổ chức 3 phòng quản lý doanh nghiệp. Ngoài các phòng quản lý doanh nghiệp nêu trên, đối với các tỉnh, thành phố có số lượng doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài lớn thì Tổng cục trưởng Tổng cục Thuế xem xét quyết định thành lập thêm Phòng Quản lý doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài thuộc Cục Thuế.
+ Đối với các tỉnh, thành phố còn lại, cơ cấu bộ máy Cục Thuế gồm các phòng:
1. Phòng Tổng hợp và dự toán
2. Phòng Tuyên truyền, hỗ trợ tổ chức và người nộp thuế (gọi tắt là Phòng Tuyên truyền và hỗ trợ)
3. Phòng Tin học và Xử lý dữ liệu về thuế
4. Phòng Quản lý doanh nghiệp
5. Phòng Thanh tra
6. Phòng Quản lý ấn chỉ
7. Phòng Tổ chức cán bộ
8. Phòng Hành chính - Quản trị - Tài vụ
Đối với Cục Thuế chưa thực hiện phân cấp quản lý thu lệ phí trước bạ và thu khác cho Chi cục Thuế quản lý thì có thể tổ chức Phòng thu lệ phí trước bạ và thu khác thuộc Cục Thuế.
2. Tổng cục trưởng Tổng cục Thuế có trách nhiệm quy định chức năng, nhiệm vụ của các phòng thuộc Cục Thuế, quyết định việc sáp nhập, giải thể các phòng thuộc Cục Thuế.