Điều 4. Cơ cấu tổ chức
1. Các tổ chức tham mưu, tổng hợp và chuyên môn, nghiệp vụ thuộc Sở
a) Văn phòng;
b) Thanh tra;
c) Phòng Tổ chức cán bộ;
d) Phòng Kế hoạch - Tài chính;
đ) Phòng Quản lý chất lượng;
e) Phòng Giáo dục Mầm non - Giáo dục Tiểu học;
g) Phòng Giáo dục Trung học - Giáo dục Thường xuyên và Giáo dục Nghề nghiệp.
2. Các đơn vị sự nghiệp trực thuộc Sở
a) Trường Trung học phổ thông chuyên Lương Văn Chánh;
b) Trường Phổ thông Dân tộc Nội trú Trung học phổ thông tỉnh Phú Yên;
c) Trường Trung học cơ sở và Trung học phổ thông: 07 đơn vị, cụ thể:
Trường Trung học cơ sở và Trung học phổ thông Võ Văn Kiệt
Trường Trung học cơ sở và Trung học phổ thông Nguyễn Bá Ngọc
Trường Trung học cơ sở và Trung học phổ thông Nguyễn Khuyến
Trường Trung học cơ sở và Trung học phổ thông Võ Nguyên Giáp
Trường Trung học cơ sở và Trung học phổ thông Chu Văn An
Trường Trung học cơ sở và Trung học phổ thông Nguyễn Trung Trực
Trường Trung học cơ sở và Trung học phổ thông Nguyễn Viết Xuân
d) Trường Trung học phổ thông: 23 đơn vị, cụ thể:
Trường Trung học phổ thông Nguyễn Huệ
Trường Trung học phổ thông Trần Quốc Tuấn
Trường Trung học phổ thông Nguyễn Trãi
Trường Trung học phổ thông Trần Bình Trọng
Trường Trung học phổ thông Ngô Gia Tự
Trường Trung học phổ thông Nguyễn Trường Tộ
Trường Trung học phổ thông Lê Trung Kiên
Trường Trung học phổ thông Nguyễn Công Trứ
Trường Trung học phổ thông Lê Hồng Phong
Trường Trung học phổ thông Nguyễn Thị Minh Khai
Trường Trung học phổ thông Lê Lợi
Trường Trung học phổ thông Lê Thành Phương
Trường Trung học phổ thông Trần Phú
Trường Trung học phổ thông Phan Đình Phùng
Trường Trung học phổ thông Phan Bội Châu
Trường Trung học phổ thông Nguyễn Du
Trường Trung học phổ thông Trần Suyền
Trường Trung học phổ thông Nguyễn Văn Linh
Trường Trung học phổ thông Phạm Văn Đồng
Trường Trung học phổ thông Phan Chu Trinh
Trường Trung học phổ thông Nguyễn Thái Bình
Trường Trung học phổ thông Tôn Đức Thắng
Trường Trung học phổ thông Võ Thị Sáu
đ) Trung tâm Hỗ trợ phát triển giáo dục hòa nhập Phú Yên;
e) Trung tâm Giáo dục nghề nghiệp - Giáo dục thường xuyên Phú Yên;
g) Trường Trung cấp Nghề Thanh niên dân tộc Phú Yên.