Điều 3. Cơ cấu tổ chức của Trung tâm Khuyến ngư Quốc gia gồm có:
1. Văn phòng Trung tâm;
2. Phòng Kế hoạch - Tài chính;
3. Phòng Kỹ thuật;
4. Phòng Thông tin - Huấn luyện và tư liệu;
5. Văn phòng đại diện tại thành phố Hồ Chí Minh.
Giám đốc Trung tâm Khuyến ngư Quốc gia chịu trách nhiệm xây dựng Quy chế về tổ chức và hoạt động của Trung tâm trình Bộ trưởng quyết định.