Điều 4. Về cơ chế tài chính:
Ban Quản lý là đơn vị sự nghiệp có thu tự bảo đảm toàn bộ chi phí hoạt động thường xuyên, thực hiện theo Nghị định số 10/2002/NĐ-CP ngày 16/01/2002 của Chính phủ về chế độ tài chính áp dụng cho đơn vị sự nghiệp có thu và Thông tư hướng dẫn thực hiện số 25/2002/TT-BTC ngày 21/03/2002 của Bộ Tài chính. Chấp hành nghiêm chỉnh chế độ thống kê, báo cáo theo quy định.
Trong năm đầu mới thành lập (2005), Ban Quản lý được ngân sách Nhà nước cấp trang bị ban đầu tài sản, công cụ phương tiện làm việc và hỗ trợ 100% kinh phí hoạt động; kể từ năm thứ hai (2006) được ngân sách hỗ trợ 50%; từ năm 2007 trở đi Trung tâm tự đảm bảo toàn bộ chi phí hoạt động thường xuyên.