Điều 4. Cơ cấu tổ chức
Trung tâm có Giám đốc, 1 đến 2 Phó giám đốc, Kế toán trưởng và các bộ phận chuyên môn giúp việc. Giám đốc Trung tâm do Bộ trưởng Bộ Thủy sản bổ nhiệm theo đề nghị của Viện trưởng Viện Kinh tế và Quy hoạch thuỷ sản. Phó giám đốc, Kế toán trưởng do Viện trưởng Viện Kinh tế và Quy hoạch thuỷ sản tuyển chọn và bổ nhiệm sau khi được sự chấp thuận của Bộ Thủy sản, ngoài ra Trung tâm còn có một số cán bộ, nhân viên chuyên môn nghiệp vụ làm việc theo chế độ hợp đồng.
Cơ cấu tổ chức và hoạt động của Trung tâm được quy định tại Quy chế Tổ chức và hoạt động của Trung tâm ban hành kèm theo Quyết định của Viện trưởng Viện Kinh tế và Quy hoạch thuỷ sản.