Điều 2. Trung tâm có chức năng, nhiệm vụ:
a. Chức năng:
Nghiên cứu môi trường biển, mối quan hệ giữa môi trường và nguồn lợi, giữa môi trường và sự phát triển nghề cá biển.
b. Nhiệm vụ:
1. Nghiên cứu đề xuất các thông số giám sát và cảnh báo môi trường, dịch bệnh thuỷ sản, các phương án, giải pháp xử lý ô nhiễm và bảo vệ môi trường biển.
2. Quan trắc và cung cấp các thông tin về chỉ tiêu chất lượng, hiện trạng môi trường phục vụ cho công tcs giám sát, quản lý và bảo vệ môi trường biển của Viện và Bộ.
3. Xây dựng chương trình kiểm soát, mạng lưới quan trắc và cảnh báo môi trường, kịp thời phục vụ cho nuôi trồng, bảo vệ và phát triển bền vững nguồn lợi hải sản.
4. Phối hợp với các cơ quan chức năng và các trung tâm của ngành trong công tác bảo vệ môi trường, phát triển nguồn lợi hải sản.
5. Tham gia cung cấp cơ sở dữ liệu môi trường biển Việt Nam. Thu thập và cung cấp các số liệu diễn biến môi trường làm cơ sở cho quy hoạch khai thác, nuôi trồng biển và xây dựng các khu bảo tồn biển.
6. Tham gia và phối hợp với các cơ quan, các tổ chức trong nước và quốc tế trong lĩnh vực hoạt động nghiên cứu hải dương học và bảo vệ môi trường biển theo sự phân công của Viện và Bộ, theo quy định của pháp luật.
7. Ðào tạo nghiệp vụ hướng dẫn và chuyển giao công nghệ có liên quan đến bảo vệ môi trường theo yêu cầu của cơ quan quản lý Nhà nước ở Trung ương và địa phương.