Điều 4. Cơ cấu tổ chức của Cục Điều tra chống buôn lậu gồm:
(1) - Phòng Kế hoạch - tổng hợp
(2) - Phòng Nghiệp vụ I (quản lý công tác điều tra chống buôn lậu trên biển và qua cửa khẩu cảng biển quốc tế)
(3) - Phòng nghiệp vụ 2 (quản lý công tác điều tra chống buôn lậu qua cửa khẩu quốc tế đường không và bưu điện).
(4) - Phòng nghiệp vụ 3 (quản lý công tác điều tra chống buôn lậu qua cửa khẩu quốc tế đường bộ, đường sông, đường sắt).
(5) - Phòng nghiệp vụ 4 (quản lý công tác điều chống buôn bán và vận chuyển ma tuý qua biên giới).
Nhiệm vụ cụ thể, biên chế và mối quan hệ công tác của các Phòng do Tổng cục trưởng quy định.
Trong trường hợp cần thiết, Tổng cục trưởng được thành lập các đội trinh sát, điều tra hoặc chuyên án để thực hiện nhiệm vụ chống buôn lậu do Tổng cục trưởng giao. Các đội này chịu sự quản lý, chỉ đạo trực tiếp của Cục trưởng Cục Điều tra chống buôn lậu trong quá trình thực hiện nhiệm vụ và giải thể sau khi hoàn thành nhiệm vụ.