Điều 3. Tổ chức bộ máy
1. Lãnh đạo Thanh tra:
Lãnh đạo Thanh tra có Chánh Thanh tra và các Phó Chánh Thanh tra. Chánh Thanh tra do Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn bổ nhiệm sau khi thống nhất với Tổng Thanh tra; chịu trách nhiệm trước Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, trước Tổng Thanh tra, trước pháp luật về hoạt động của thanh tra và thực hiện nhiệm vụ được giao.
Phó Chánh Thanh tra do Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn bổ nhiệm theo đề nghị của Chánh Thanh tra; Phó Chánh Thanh tra giúp việc Chánh Thanh tra, được Chánh Thanh tra phân công phụ trách một số nhiệm vụ cụ thể; chịu trách nhiệm trước Chánh Thanh tra và trước pháp luật về thực hiện nhiệm vụ được phân công.
Số lượng Phó Chánh Thann tra không quá ba người; trường hợp đặc biệt, Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn xem xét quyết định.
2. Bộ máy quản lý của Thanh tra Bộ:
a) Phòng Hành chính - Tổng hợp;
b) Phòng Thanh tra hành chính;
c) Phòng Thanh tra chuyên ngành;
đ) Phòng Tiếp dân và giải quyết khiếu nại, tố cáo;
e) Phòng Xử lý sau thanh tra và phòng, chống tham nhũng;
g) Bộ phận thường trực tại phía Nam.
Chánh Thanh tra Bộ quy định chức năng, nhiệm vụ của các phòng, bộ phận có tên trên và ban hành Quy chế làm việc của Thanh tra Bộ.
3. Thanh tra viên, công chức, viên chức thanh tra chịu trách nhiệm trước Chánh Thanh tra và trước pháp luật về việc thi hành nhiệm vụ được giao; có nghĩa vụ và quyền lợi theo quy định của pháp luật.
4. Biên chế của Thanh tra Bộ: Chánh Thanh tra và Vụ trưởng Vụ tổ chức cán bộ trình Bộ trưởng quyết định.