Điều 3. Cơ cấu tổ chức
Phân Viện có 01 Phân viện trưởng và không quá 02 phó Phân viện trưởng.
Phân viện trưởng do Bộ trưởng Bộ Thủy sản bổ nhiệm theo đề nghị của Viện trưởng Viện nghiên cứu Nuôi trồng thủy sản I. Phó Phân viện trưởng do Viện trưởng bổ nhiệm theo đề nghị của Phân viện trưởng
Cơ cấu tổ chức của Phân viện gồm:
1. Phòng Hành chính tổng hợp;
2. Phòng nghiên cứu Công nghệ Giống thủy, hải sản (Bao gồm Trại giống Cửa Hội) ;
3. Phòng Nghiên cứu Công nghệ Nuôi thủy, hải sản (Bao gồm Trại nuôi nước lợ Cầu Bùng);
4. Phòng Nghiên cứu Quan trắc cảnh báo môi trường và bệnh thủy sản.