Điều 3 . Trung tâm có 1 Giám đốc, 1-2 phó Giám đốc. Giám đốc Trung tâm do Bộ trưởng Bộ Thuỷ sản bổ nhiệm theo đề nghị của Giám đốc Trung tâm Nghiên cứu thuỷ sản III, Phó Giám đốc Trung tâm Quốc gia giống do Giám đốc Trung tâm Nghiên cứu thủy sản III bổ nhiệm theo đề nghị của Giám đốc Trung tâm.
Trung tâm có 04 bộ phận:
1. Văn phòng. ( Tổng hợp, Thông tin, Hành chính, Kế toán …)
2. Phòng Nghiên cứu Khoa học công nghệ về giống
3. Phòng Nghiên cứu Khoa học công nghệ nuôi trồng Hải sản.
4. Trung tâm Nghiên cứu Phát triển nuôi biển Sông Lô (Nha Trang).
Biên chế và quỹ lương của Trung tâm được lấy từ biên chế và quỹ lư&# 417;ng của Trung tâm Nghiên cứu thủy sản III, ngoài ra Trung tâm được tuyển dụng lao động hợp đồng theo nhu cầu công việc. Lương và các quyền lợi khác của lao động hợp đồng do Trung tâm chi trả theo quy định của Luật Lao động.