Điều 45. Quy chế này có hiệu lực thi hành sau 15 ngày, kể từ ngày ký. Bãi bỏ Quy chế Tổ chức và hoạt động của Đại học Quốc gia Hà Nội ban hành kèm theo Quyết định số 477/TTg ngày 05 tháng 9 nam 1994 của Thủ tướng Chính phủ và Quy chế Tổ chức và hoạt động của Đại học Quốc gia thành phố Hồ Chí Minh ban hành kèm theo Quyết định số 185/TTg ngày 28 tháng 8 năm 1997 của Thủ tướng Chính phủ và các quy định khác về tổ chức và hoạt động của Đại học Quốc gia trái với quy định của Quy chế này.
Căn cứ vào Quy chế này, Giám đốc Đại học Quốc gia Hà Nội, Giám đốc Đại học Quốc gia thành phố Hồ Chí Minh quy định cụ thể về tổ chức và hoạt động của mỗi Đại học Quốc gia và phân cấp quản lý giữa Đại học Quốc gia với các trường đại học thành viên, các viện nghiên cứu và các đơn vị trực thuộc khác.
Trong quá trình thực hiện, Quy chế có thể được xem xét lại và sửa đổi cho phù hợp với thực tế