Điều 3. - Đồng thời với việc triển khai thực hiện phương án xử lý bước 1 căn cứ vào các quy định hiện hành Bộ Thuỷ lợi, Uỷ ban Nhân dân thành phố Hà Nội cùng các ngành có liên quan xây dựng phương án xử lý bước 2, nhằm giải quyết toàn diện, bảo đảm độ bền vững lâu dài, phù hợp với tình hình đặc điểm của đoạn đê bảo vệ Hà Nội và trình Thủ tướng Chính phủ xem xét quyết định theo 3 loại như tinh thần Nghị định 429/HĐBT ngày 15/12/1990 của Hội đồng Bộ trưởng (nay là Chính phủ) đã quy định như sau:
Loại gây mất ổn đinh nghiêm trọng cho đê điều thì nhất quyết phải phá bỏ và phải gia cố, tu bổ lại đê điều.
Loại có ảnh hưởng tới an toàn của đê điều nhưng chưa nghiêm trọng thì di chuyển dần hoặc có biện pháp hạn chế sự ảnh hưởng đến sự an toàn của đê điều.
Loại ít ảnh hưởng đến an toàn của đê điều có thể tiếp tục cho sử dụng nhưng phải tuân theo những quy định nghiêm ngặt trong việc bảo vệ đê điều.
Trong khi nghiên cứu xây dựng phương án xử lý bước 2, giao Bộ Thuỷ lợi chủ trì cùng Bộ Xây dựng, Bộ Khoa học, Công nghệ và Môi trường và Uỷ ban Nhân dân thành phố Hà Nội xem xét xử lý phần còn lại của các nhà ở và công trình đã tháo rỡ bước 1 theo 3 loại trên.