Điều 3. Cơ cấu tổ chức
1. 1. Vụ Thẩm định đánh giá tác động môi trường.
2. 2. Vụ Quản lý chất thải.
3. 3. Vụ Quản lý chất lượng môi trường.
4. 4. Vụ Chính sách, Pháp chế và Thanh tra.
5. 5. Vụ Khoa học, Công nghệ và Hợp tác quốc tế.
6. 6. Vụ Kế hoạch - Tài chính.
7. 7. Vụ Tổ chức cán bộ.
8. 8. Văn phòng Tổng cục.
9. 9. Cục Bảo tồn thiên nhiên và Đa dạng sinh học.
10. 10. Cục Bảo vệ môi trường miền Bắc.
11. 11. Cục Bảo vệ môi trường miền Trung và Tây Nguyên.
12. Cục Bảo vệ môi trường miền Nam.
13. Trung tâm Tư vấn và Công nghệ môi trường.
14. Trung tâm Thông tin và Dữ liệu môi trường.
15. Trung tâm Quan trắc môi trường miền Bắc.
16. Trung tâm Quan trắc môi trường miền Trung và Tây Nguyên.
17. Trung tâm Quan trắc môi trường miền Nam.
18. Viện Khoa học môi trường.
Tại Điều này, các tổ chức quy định từ khoản 1 đến khoản 12 là các tổ chức hành chính giúp Tổng cục trưởng thực hiện chức năng quản lý nhà nước; các tổ chức quy định từ khoản 13 đến khoản 18 là các đơn vị sự nghiệp công lập của Tổng cục.
Văn phòng Tổng cục có 05 phòng; Cục Bảo tồn thiên nhiên và Đa dạng sinh học có văn phòng và 04 phòng; Cục Bảo vệ môi trường miền Bắc, Cục Bảo vệ môi trường miền Trung và Tây Nguyên, Cục Bảo vệ môi trường miền Nam có văn phòng và 03 phòng.
Trung tâm Quan trắc môi trường miền Bắc, Trung tâm Quan trắc môi trường miền Trung và Tây Nguyên, Trung tâm Quan trắc môi trường miền Nam tự bảo đảm chi thường xuyên, tự cân đối biên chế trong tổng biên chế được cấp có thẩm quyền giao.