Điều 4. Cơ cấu tổ chức của Viện gồm các đơn vị trực thuộc sau :
1- Văn phòng Viện;
2- Trung tâm Công nghệ Laser;
3- Trung tâm Công nghệ Vi điện tử và Tin học;
4- Trung tâm Quang điện tử;
5- Trung tâm Sinh học thực nghiệm;
6- Trung tâm Triển khai Công nghệ;
7- Trung tâm Hợp tác Công nghệ Việt - Hàn;
8- Trung tâm Công nghệ Vật liệu;
9- Chi nhánh Viện ứng dụng Công nghệ tại thành phố Hồ Chí Minh.
Trong quá trình hoạt động,Viện trưởng có thể đề nghị Bộ trưởng quyết định thành lập thêm hoặc giải thể các đơn vị trực thuộc Viện cho phù hợp với nhu cầu phát triển của Viện,
Đơn vị trực thuộc Viện có Điều lệ Tổ chức và Hoạt động riêng, có tư cách pháp nhân, con dấu và tài khoản riêng.