Điều 3. Cơ cấu tổ chức
a) Lãnh đạo Cục Bảo vệ môi trường có Cục trưởng và một số Phó Cục trưởng.
Cục trưởng chịu trách nhiệm trước Bộ trưởng về các nhiệm vụ được giao và chịu trách nhiệm trước pháp luật về mọi hoạt động của Cục; quy định chức năng, nhiệm vụ của các đơn vị thuộc Cục; xây dựng quy chế làm việc và điều hành mọi hoạt động của Cục. Riêng việc quy định chức năng, nhiệm vụ của các Chi cục Bảo vệ môi trường do Bộ trưởng Bộ Tài nguyên và Môi trường quyết định.
Phó Cục trưởng giúp việc Cục trưởng, chịu trách nhiệm trước Cục trưởng về lĩnh vực công tác được phân công.
b) Bộ máy giúp việc Cục trưởng:
1. Văn phòng Cục;
2. Phòng Pháp chế;
3. Phòng Kế hoạch - Tài chính;
4. Phòng Hợp tác quốc tế;
5. Phòng Kiểm soát ô nhiễm;
6. Phòng Quản lý chất thải và hóa chất độc hại;
7. Phòng Bảo tồn thiên nhiên;
8. Phòng Quản lý tổng hợp đới bờ, biển và lưu vực sông;
9. Phòng Công nghệ môi trường;
10. Chi cục Bảo vệ môi trường khu vực miền Trung và Tây Nguyên (tại thành phố Đà Nẵng);
11. Chi cục Bảo vệ môi trường khu vực Đông Nam Bộ (tại thành phố Hồ Chí Minh);
12. Chi cục Bảo vệ môi trường khu vực Tây Nam Bộ (tại thành phố Cần Thơ).
c) Các đơn vị sự nghiệp trực thuộc Cục:
1. Tạp chí Bảo vệ môi trường;
2. Trung tâm Tư vấn, Đào tạo và Chuyển giao công nghệ môi trường;
3. Trung tâm Quan trắc và Thông tin môi trường;
4. Trung tâm Nâng cao nhận thức cộng đồng.
Cục Bảo vệ môi trường là đơn vị dự toán cấp II, có con dấu riêng, được mở tài khoản tại kho bạc nhà nước và ngân hàng theo quy định.
Các đơn vị sự nghiệp trực thuộc Cục có con dấu riêng, được mở tài khoản; các chi cục trực thuộc Cục có con dấu riêng, được mở tài khoản tiền gửi theo quy định của pháp luật.