Điều 2. Quyết định này thay thế Quyết định số 42/2002/QĐ-TTg ngày 19 tháng 3 năm 2002 của Thủ tướng Chính phủ và có hiệu lực thi hành từ ngày 20 tháng 12 năm 2009. Những văn bản hướng dẫn thực hiện Chương trình mục tiêu quốc gia trái với Quyết định này đều được bãi bỏ.
Trong quá trình thực hiện, nếu có vướng mắc, Bộ Kế hoạch và Đầu tư, Bộ Tài chính phối hợp có Thông tư hướng dẫn xử lý những vấn đề cụ thể.