Điều 3. Cơ cấu tổ chức
1. Vụ Công giáo.
2. Vụ Phật giáo.
3. Vụ Tin lành.
4. Vụ Cao đài.
5. Vụ các tôn giáo khác.
6. Vụ Hợp tác quốc tế.
7. Vụ Pháp chế - Thanh tra.
8. Vụ Tổ chức cán bộ.
9. Văn phòng.
10. Viện Nghiên cứu chính sách Tôn giáo.
11. Tạp chí Công tác Tôn giáo.
12. Trung tâm Thông tin.
13. Trường Nghiệp vụ công tác Tôn giáo.
14. Nhà Xuất bản Tôn giáo.
Tại Điều này, các đơn vị quy định từ khoản 1 đến khoản 9 là các đơn vị hành chính giúp Trưởng ban thực hiện nhiệm vụ quản lý nhà nước; các đơn vị quy định từ khoản 10 đến khoản 14 là các đơn vị sự nghiệp phục vụ chức năng quản lý nhà nước của Ban Tôn giáo Chính phủ.
Việc thành lập, sáp nhập, giải thể các đơn vị sự nghiệp dịch vụ công khác thuộc Ban Tôn giáo Chính phủ do Bộ trưởng Bộ Nội vụ quyết định.
Biên chế của Ban Tôn giáo Chính phủ do Bộ trưởng Bộ Nội vụ quyết định trong tổng số biên chế của Bộ Nội vụ.