Điều 3. Cơ cấu tổ chức
1. Vụ Chính sách và Pháp chế
2. Vụ Hợp tác quốc tế và Khoa học, Công nghệ
3. Vụ Kế hoạch - Tài chính
4. Vụ Tổ chức cán bộ
5. Thanh tra
6. Văn phòng (có cơ sở đại diện tại miền Trung và miền Nam)
7. Cục Kiểm soát ô nhiễm.
8. Cục Bảo tồn đa dạng sinh học
9. Cục Quản lý chất thải và Cải thiện môi trường
10. Cục Thẩm định và Đánh giá tác động môi trường
11. Trung tâm Quan trắc môi trường
12. Viện Khoa học quản lý môi trường.
Tại Điều này, các tổ chức quy định từ khoản 1 đến khoản 10 là các tổ chức hành chính giúp Tổng cục trưởng thực hiện chức năng quản lý nhà nước; các tổ chức quy định tại các khoản 11 và 12 là các đơn vị sự nghiệp;
Bộ trưởng Bộ Tài nguyên và Môi trường trình Thủ tướng Chính phủ quyết định thành lập mới, đổi tên, giải thể, sắp xếp, tổ chức lại các tổ chức hành chính của Tổng cục Môi trường.
Bộ trưởng Bộ Tài nguyên và Môi trường quyết định tổ chức lại Chi cục Bảo vệ môi trường khu vực Đông Nam Bộ tại thành phố Hồ Chí Minh, Chi cục Bảo vệ môi trường khu vực Tây Nam Bộ tại thành phố Cần Thơ, Chi cục Bảo vệ môi trường khu vực miền Trung và Tây Nguyên tại thành phố Đà Nẵng; quyết định thành lập các tổ chức sự nghiệp dịch vụ công tự bảo đảm kinh phí hoạt động thường xuyên trực thuộc Tổng cục Môi trường theo quy định của pháp luật