Điều 4. Cơ chế tài chính đối với các chương trình quy định tại Điều 1 của Quyết định này, thực hiện theo Quyết định số 66/2000/QĐ-TTg ngày 13 tháng 6 năm 2000 về một số chính sách và cơ chế tài chính thực hiện chương trình kiên cố hoá kênh mương và Quyết định số 132/2001/QĐ-TTg ngày 07 tháng 9 năm 2001 của Thủ tướng Chính phủ về cơ chế tài chính thực hiện chương trình phát triển đường giao thông nông thôn, cơ sở hạ tầng nuôi trồng thuỷ sản, cơ sở hạ tầng làng nghề ở nông thôn.
Riêng về nguồn vốn trả nợ, các địa phương sử dụng từ nguồn vốn đầu tư phát triển trong nước (bao gồm cả nguồn vốn đầu tư từ nguồn thu tiền sử dụng đất) bố trí trong cân đối ngân sách địa phương hàng năm để hoàn trả.