Điều 12: Những công trình thủy lợi được đầu tư từ vốn ngân sách Nhà nước có quy mô tưới nhỏ hơn 100 ha, những công trình nằm riêng biệt có diện tích tưới lớn hơn 100 ha ở những vùng có ít công trình thì giao cho Ủy ban nhân dân các huyện, thị chỉ đạo tổ chức thành lập đơn vị quản lý khai thác bảo vệ với hình thức có thể thành lập Trạm hoặc đội thủy nông huyện là tổ chức sự nghiệp hạch toán lấy thu bù chi; phần kinh phí còn thiếu được cấp bù từ nguồn kinh phí ngân sách đầu tư cho sự nghiệp thủy lợi hàng năm. Trường hợp không thể thành lập được đơn vị quản lý chung thì mới giao cho các xã, hợp tác xã tổ chức bộ phận quản lý nhưng phải dưới sự hướng dẫn của Phòng Nông nghiệp và phát triển nông thôn về chuyên môn nghiệp vụ.
Những huyện, thị tổ chức thành Trạm quản lý thủy nông, phải xây dựng đề án cụ thể, Chủ tịch UBND huyện, thị phê duyệt để thực hiện, Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, Sở Tài chính - Vật giá hướng dẫn về chuyên môn nghiệp vụ.