Điều 13:
1. Tổng giám đốc do Thủ tướng Chính phủ bổ nhiệm, miễn nhiệm, khen thưởng, kỷ luật theo đề nghị của Cục trưởng Cục Hàng không dân dụng; Tổng giám đốc Cụm cảng Hàng không miền Nam kiêm giám đốc Cảng Hàng không quốc tế Tân Sơn Nhất.
Tổng giám đốc là đại diện pháp nhân của Cụm cảng, là người có quyền quản lý, điều hành cao nhất trong Cụm cảng và chịu trách nhiệm trước Cục trưởng Cục Hàng không dân dụng và trước pháp luật về kết quả điều hành hoạt động của Cụm cảng.
Tổng giám đốc được Cục trưởng Cục Hàng không dân dụng ủy quyền thực hiện một số nhiệm vụ quản lý Nhà nước theo quy định của pháp luật.
2. Phó Tổng giám đốc là người giúp Tổng giám đốc, điều hành một hoặc một số lĩnh vực hoạt động của Cụm cảng theo phân công của Tổng giám đốc và chịu trách nhiệm trước Tổng giám đốc về nhiệm vụ được phân công;
3. Kế toán trưởng Cụm cảng giúp Tổng giám đốc chỉ đạo, tổ chức thực hiện công tác tài chính, kế toán, thống kê của Cụm cảng, có các quyền và nghĩa vụ theo quy định của pháp luật;
4. Các văn phòng, phòng chuyên môn nghiệp vụ có chức năng tham mưu, giúp Tổng giám đốc quản lý, điều hành công việc.