Điều 3. Cơ cấu tổ chức
1. Văn phòng
2. Ban Kế hoạch - Tài chính
3. Ban Khoa học, Công nghệ và Hợp tác quốc tế
4. Ban Tổ chức cán bộ
5. Trung tâm Công nghệ thông tin khí tượng thuỷ văn
6. Trung tâm Dự báo khi tượng thủy văn Trung ương
7. Trung tâm Mạng lưới khí tượng, thủy văn và môi trường
8. Trung tâm Tư liệu khí tượng, thủy văn
9. Trung tâm Ứng dụng công nghệ và Bồi dưỡng nghiệp vụ khí tượng, thủy văn và môi trường
10. Liên đoàn Khảo sát khí tượng, thủy văn
11. Đài Khí tượng cao không
12. Đài Khí tượng Thủy văn khu vực Tây Bắc (trụ sở tại thị xã Sơn La, tỉnh Sơn La)
13. Đài Khí tượng Thủy văn khu vực Việt Bắc (trụ sở tại thành phố Việt Trì, tỉnh Phú Thọ)
14. Đài Khí tượng Thủy văn khu vực Đông Bắc (trụ sở tại thành phố Hải Phòng)
15. Đài Khí tượng Thủy văn khu vực Đồng bằng Bắc Bộ (trụ sở tại thành phố Hà Nội)
16. Đài Khí tượng Thủy văn khu vực Bắc Trung Bộ (trụ sở tại thành phố Vinh, tỉnh Nghệ An)
17. Đài Khí tượng Thủy văn khu vực Trung Trung Bộ (trụ sở tại thành phố Đà Nẵng)
18. Đài Khí tượng Thủy văn khu vực Nam Trung Bộ (trụ sở tại thành phố Nha Trang, tỉnh Khánh Hòa)
19. Đài Khí tượng Thủy văn khu vực Nam Bộ (trụ sở tại thành phố Hồ Chí Minh)
20. Đài Khí tượng Thủy văn khu vực Tây Nguyên (trụ sở tại thành phố Pleiku, tỉnh Gia Lai)
21. Tạp chí Khí tượng Thủy văn
Bộ trưởng Bộ Tài nguyên và Môi trường quyết định việc thành lập các tổ chức sự nghiệp dịch vụ công tự đảm bảo kinh phí hoạt động thường xuyên trực thuộc Trung tâm theo quy định của pháp luật.