Điều 3. Các Bộ: Tài chính, Kế hoạch và Đầu tư, Nội vụ, Lao động - Thương binh và Xã hội, Công nghiệp, Giao thông vận tải, Bưu chính, Viễn thông, Xây dựng và các cơ quan liên quan có trách nhiệm phối hợp với ủy ban nhân dân thành phố Hồ Chí Minh trong việc thực hiện Phương án này theo các thủ tục, quy định hiện hành.
Ban Chỉ đạo Đổi mới và Phát triển doanh nghiệp chịu trách nhiệm chỉ đạo, đôn đốc, hướng dẫn và theo dõi việc thực hiện Phương án này, đồng thời kiến nghị với Thủ tướng Chính phủ các giải pháp tháo gỡ khó khăn trong quá trình thực hiện.