Điều 6. Viện trưởng Viện Khoa học Tài chính có nhiệm vụ và quyền hạn:
1- Trình Bộ những công việc liên quan đến công tác quản lý nghiên cứu khoa học của toàn ngành.
2- Thực hiện nhiệm vụ của Thường trực Hội đồng Khoa học Tài chính.
3- Trình Giám đốc Học viện:
+ Định hướng phát triển và kế hoạch nghiên cứu khoa học hàng năm của Viện;
+ Bổ nhiệm và miễn nhiệm Phó viện trưởng, Trưởng phòng, Phó trưởng phòng của Viện;
+ Cử cán bộ, công chức của Viện đi học tập, khảo sát, hội thảo khoa học ở nước ngoài;
+ Nâng lương, nâng ngạch, khen thưởng, kỷ luật cán bộ, công chức của Viện theo đúng qui định của Nhà nước và phân cấp của Bộ.
4- Qui định nhiệm vụ, quyền hạn cụ thể của các Phòng thuộc Viện; ban hành quy chế phối hợp giữa các Phòng trong việc triển khai nhiệm vụ được giao.
5- Tổ chức triển khai thực hiện kế hoạch nghiên cứu khoa học hàng năm và dài hạn của Viện theo kế hoạch đã được duyệt.
6- Được tham dự các cuộc họp trao đổi về các đề án lớn về kinh tế tài chính do Bộ chủ trì để phục vụ cho công tác nghiên cứu khoa học của Viện.
7- Quản lý đội ngũ cán bộ, công chức của Viện theo phân cấp quản lý cán bộ của Giám đốc Học viện. Phối hợp với các tổ chức Đảng và các đoàn thể quần chúng để quản lý, giáo dục, bồi dưỡng cán bộ công chức của Viện.
8- Đôn đốc, kiểm tra, đánh giá các mặt công tác và hoạt động của các đơn vị và cá nhân trong Viện. Định kỳ báo cáo Giám đốc Học viện và các đơn vị có liên quan tình hình hoạt động của Viện.