Điều 5. Thủ tục hải quan dối với việc nhập khẩu nguyên, phụ liệu, xuất khẩu sản phẩm gia công thực hiện theo quy định trình nghiệp vụ hải quan hiện hành như đối với một lô hàng xuất khẩu, nhập khẩu. Ngoài ra do đặc điểm của loại hình gia công, Quy chế này quy định thêm các điểm sau:
5.1. Doanh nghiệp nhận gia công phải mở sổ theo dõi, quản lý hợp đồng gia công cho từng hợp đồng (theo mẫu của Tổng cục hải quan ban hành).
5.2. Đối với hợp đồng gia công kéo dài trong nhiều năm thì mở sổ theo dõi từng phụ kiện hợp đồng, việc thanh, quyết toán như hợp đồng riêng lẻ.
5.3. Mỗi hợp đồng (hoặc phụ kiện hợp đồng) phải mở hai sổ theo dõi, một sổ do doanh nghiệp giữ, một sổ lưu tại Hải quan tỉnh, thành phố nơi doanh nghiệp đăng ký làm thủ tục chính để thống kê, theo dõi việc nhập nguyên, phụ liệu và xuất sản phẩm từ khi bắt đầu thực hiện hợp dồng gia công cho đến khi kết thúc toàn bộ hợp dồng gia công. Việc sử dụng sổ theo hướng dẫn riêng của Tổng cục Hải quan.