Điều 3. Quản lý và điều hành Quỹ ĐTPT tỉnh do Hội đồng quản lý Quỹ Đầu tư phát triển tỉnh Kon Tum (sau đây viết tắt là HĐQL Quỹ) và cơ quan điều hành tác nghiệp thực hiện.
Hội đồng quản lý Quỹ gồm các thành viên là đại diện có thẩm quyền của Ủy ban nhân dân tỉnh Kon Tum, Sở Tài chính, Sở Kế hoạch và Đầu tư, Chi nhánh Ngân hàng Nhà nước, Chi nhánh Quỹ Hỗ trợ phát triển Kon Tum và một số thành viên khác. Chủ tịch, Phó Chủ tịch và các thành viên của HĐQL Quỹ do Chủ tịch UBND tỉnh Kon Tum bổ nhiệm và miễn nhiệm.
Cơ quan điều hành tác nghiệp của Quỹ do Chi nhánh Quỹ Hỗ trợ phát triển Kon Tum kiêm nhiệm.
Giám đốc Quỹ ĐTPT tỉnh chịu trách nhiệm điều hành tác nghiệp Quỹ ĐTPT tỉnh. Giúp việc Giám đốc có các Phó Giám đốc và một số bộ phận chuyên môn. Giám đốc và các Phó Giám đốc do Chủ tịch UBND tỉnh Kon Tum bổ nhiệm và miễn nhiệm theo đề nghị của Hội đồng quản lý Quỹ.