Điều 3. Cơ cấu tổ chức
1. Vụ Hợp tác quốc tế và Khoa học, Công nghệ.
2. Vụ Kế hoạch – Tài chính.
3. Vụ Tổ chức cán bộ.
4. Văn phòng.
5. Cục Điều tra và Kiểm soát tài nguyên – môi trường biển.
6. Cục Quản lý khai thác biển và hải đảo.
7. Trung tâm Địa chất và Khoáng sản biển.
8. Trung tâm Hải văn
9. Trung tâm Quy hoạch và Quản lý tổng hợp vùng duyên hải.
10. Trung tâm Trắc địa bản đồ biển.
11. Viện Nghiên cứu quản lý biển và hải đảo.
Tại Điều này, các tổ chức quy định từ khoản 1 đến khoản 6 là tổ chức hành chính giúp Tổng cục trưởng thực hiện chức năng quản lý nhà nước; các tổ chức quy định từ khoản 7 đến khoản 11 là tổ chức sự nghiệp phục vụ chức năng quản lý nhà nước của Tổng cục Biển và Hải đảo Việt Nam.
Bộ trưởng Bộ Tài nguyên và Môi trường quyết định thành lập các tổ chức sự nghiệp dịch vụ công tự bảo đảm kinh phí hoạt động thường xuyên trực thuộc Tổng cục Biển và Hải đảo Việt Nam theo quy định của pháp luật.