Điều 3. Cơ cấu tổ chức bộ máy, biên chế của Sở gồm có:
1. Lãnh đạo Sở gồm: Giám đốc và 03 Phó giám đốc.
Giám đốc Sở là người đứng đầu Sở, chịu trách nhiệm trước Ủy ban nhân dân tỉnh, Chủ tịch Ủy ban nhân dân tỉnh và trước pháp luật về toàn bộ hoạt động của Sở; chịu trách nhiệm báo cáo công tác trước Hội đồng nhân dân tỉnh, Ủy ban nhân dân tỉnh và Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn.
Phó giám đốc là người giúp Giám đốc Sở chỉ đạo một số mặt công tác, chịu trách nhiệm trước Giám đốc Sở và trước pháp luật về nhiệm vụ được phân công.
Việc bổ nhiệm Giám đốc và Phó giám đốc Sở do Ủy ban nhân dân cấp tỉnh quyết định theo tiêu chuẩn chuyên môn, nghiệp vụ do Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn ban hành và theo quy định của pháp luật. Việc miễn nhiệm, từ chức, khen thưởng, kỷ luật và các chế độ chính sách khác đối với Giám đốc và Phó giám đốc Sở thực hiện theo quy định của pháp luật.
2. Cơ cấu tổ chức các đơn vị trực thuộc:
a) Các phòng, ban chuyên môn:
- Văn phòng Sở
- Phòng Tổ chức cán bộ
- Thanh tra Sở
- Phòng Kế hoạch - Tài chính - Thông tin nông nghiệp
- Phòng Trồng trọt
- Phòng Chăn nuôi
- Phòng Thuỷ sản
- Phòng Quản lý chất lượng xây dựng công trình
b) Các đơn vị trực thuộc Sở:
b.1) Các Chi cục quản lý chuyên ngành:
- Chi cục Thú y
- Chi cục Bảo vệ thực vật
- Chi cục Phát triển nông thôn
- Chi cục Đê điều và Phòng chống lụt bão
- Chi cục Thuỷ lợi
- Chi cục Kiểm lâm
- Chi cục Quản lý chất lượng nông, lâm, thuỷ sản
b.2) Các đơn vị sự nghiệp:
- Trung tâm Khuyến nông, khuyến ngư
- Trung tâm Nước sinh hoạt và Vệ sinh môi trường nông thôn
- Trung tâm Tư vấn, thiết kế kỹ thuật đê điều, thuỷ lợi
- Trung tâm Giống và truyền tinh nhân tạo gia súc. (Trên cơ sở kiện toàn Trung tâm Truyền tinh nhân tạo lợn hiện đang hoạt động)
- Trường Trung học Kinh tế - Kỹ thuật Tô Hiệu
- Ban Quản lý Dự án nông nghiệp và phát triển nông thôn
b.3) Doanh nghiệp nhà nước:
- Công ty Khai thác công trình thuỷ lợi tỉnh Hưng Yên.
Biên chế của Sở Nông nghiệp & Phát triển nông thôn được UBND tỉnh giao trong tổng biên chế quản lý hành chính của tỉnh do Bộ Nội vụ giao theo quy định tại Nghị định số 21/2010/NĐ-CP ngày 08/3/2010 của Chính phủ về quản lý biên chế công chức.