Điều 3. Cơ cấu tổ chức
a) Lãnh đạo Trường có Hiệu trưởng và các Phó Hiệu trưởng.
Hiệu trưởng chịu trách nhiệm trước Bộ trưởng về nhiệm vụ được giao và chịu trách nhiệm trước pháp luật về mọi hoạt động của Trường; quy định chức năng, nhiệm vụ của các tổ chức thuộc Trường; xây dựng điều lệ nhà trường, quy chế làm việc và điều hành mọi hoạt động của Trường. Phó Hiệu trưởng giúp Hiệu trưởng trong công tác quản lý nhà trường, chịu trách nhiệm trước Hiệu trưởng về các lĩnh vực công tác được phân công.
b) Bộ máy giúp việc Hiệu trưởng:
1. Phòng Tổ chức - Hành chính;
2. Phòng Đào tạo - Khoa học;
3. Phòng Kế hoạch - Tài chính;
4. Phòng Quản lý học sinh;
5. Phòng Quản trị.
c) Các khoa:
1. Khoa Khoa học đại cương;
2. Khoa Trắc địa - Bản đồ;
3. Khoa Quản lý đất đai;
4. Khoa Môi trường;
5. Khoa Công nghệ thông tin.
Trường Trung học Tài nguyên và Môi trường Trung ương là đơn vị dự toán cấp III, có con dấu riêng, được mở tài khoản theo quy định hiện hành.