Điều 9. Quyết định này có hiệu lực thi hành sau 15 ngày, kể từ ngày đăng Công báo và được áp dụng cho các năm ngân sách từ 2005 đến 2007.
Bãi bỏ các Quyết định số 159/2003/QĐ-TTg ngày 04 tháng 8 năm 2003 và số 158/2004/QĐ-TTg ngày 31 tháng 8 năm 2004 của Thủ tướng Chính phủ về việc thực hiện thí điểm khoán biên chế và kinh phí hoạt động của Tổng cục Hải quan năm 2003, năm 2004.