Điều 4: Tổ chức bộ máy của Hội đồng gồm: Chủ tịch, các Phó chủ tịch Hội đồng, Ủy viên thường trực kiêm Tổng thư ký, các tiểu ban chuyên ngành, tiểu ban chuyên đề và các Ủy viên (có phụ lục kèm theo quyết định này).
- Chủ tịch, các Phó chủ tịch và ủy viên thường trực kiêm Tổng thư ký là Ban thường trực của Hội đồng, có nhiệm vụ điều hành công việc giữa 2 kỳ họp Hội đồng.
- Giúp việc cho Ban thường trực có Ban thư ký.
- Cơ quan thường trực của Hội đồng là Ban Khoa học và kỹ thuật.
- Cơ quan thường trực cùng vơi Ban thư ký có nhiệm vụ giúp việc Hội đồng trong nhiệm kỳ hoạt động.
- Số lượng các tiểu ban chuyên ngành, tiểu ban chuyên đề do Ban thường trực Hội đồng, quyết định trên cơ sở sự phát triển các ngành chủ yếu của thành phố và khối lượng nhiệm vụ công tác của Hội đồng.
Phương thức hoạt động và mối quan hệ công tác của các tổ chức và các ủy viên của Hội đồng thực hiện theo thông tư số 1605/QLKH ngày 29/12/1983 của ủy ban Khoa học và kỹ thuật Nhà nước (nay là Bộ Khoa học - công nghệ và môi trường); Ban thường trực của Hội đồng có trách nhiệm cụ thể hoá thành "Qui chế tổ chức và hoạt động" thông qua Hội đồng, trình UBND thành phố quyết định, cho phép áp dụng, để làm cơ sở thực hiện.
Kinh phí hoạt động của Hội đồng do Ngân sách cấp theo qui định tại Thông tư số 63/TC-KHKT ngày 11/12/1990 của liên bộ Tài chính - Ủy ban Khoa học Nhà nước và giao cho cơ quan thường trực của Hội đồng quản lý.