Điều 3. Tổ chức bộ máy của trường gồm có:
1. Lãnh đạo:
+ Hiệu trưởng
+ Các phó hiệu trưởng
Hiệu trưởng chịu trách nhiệm trước Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn và trước pháp luật trong việc lãnh đạo và quản lý toàn bộ hoạt động của Trường.
Phó hiệu trưởng giúp việc Hiệu trưởng và chịu trách nhiệm trong từng lĩnh vực công tác do Hiệu trưởng phân công.
2. Các Phòng chức năng:
+ Phòng Đào tạo - Khoa học
+ Phòng Tổ chức - Hành chính
+ Phòng Quản trị
+ Phòng Tài vụ - Kế toán
3. Các Khoa và Bộ môn chuyên môn:
+ Khoa Công chức - Viên chức + Khoa Quản trị doanh nghiệp
+ Khoa nghiệp vụ chuyên ngành Nông nghiệp và Phát triển nông thôn
+ Khoa Cơ sở.
Tuỳ theo yêu cầu giảng dạy, Hiệu trưởng sẽ thành lập các Bộ môn chuyên môn.
Chức năng, nhiệm vụ, tổ chức nhân sự, quy chế hoạt động của các tổ chức, cơ sở đào tạo bồi dưỡng và các tổ chức khác thuộc Trường do Hiệu trưởng xây dựng trình Bộ duyệt.